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두 관련 없는 파일을 비교할 때, 

예를 들면, 
A라는 프로젝트에서 복사 수정한 B라는 프로젝트가 있는데
A 프로젝트의 소스코드에서 변경된 부분을 확인하고 싶을 때는 다음과 같이 하면 됩니다.

Package Explorer 등에서 두 파일을 모두 선택합니다.
오른쪽 클릭 또는 Context 버튼을 눌러 컨텍스트 메뉴를 띄웁니다.
Compare With > Each Other를 차례로 선택합니다.

출처: Using Eclipse to compare two files

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